كلُورْهِكْسيدين له تأثير مضاد للجراثيم , هو و يعمل عن طريق التفاعل مع سطح الخلية الجرثومية، وتدمير غشاء الخلية ، وقتل الخلايا. له تأثير مضاد على البكتيريا موجبة الغرام، سلبية الغرام ، الهوائية و الا هوائية و الفطريات .